Η συλλογή του Μουσείου, η οποία χωρίσθηκε σε οκτώ ενότητες, όσες και οι διαθέσιμες αίθουσες, περιλαμβάνει περισσότερα από 400 κειμήλια εκκλησιαστικής τέχνης: εικόνες, ιερά σκεύη, ιερατικά άμφια, ξυλόγλυπτα και παλαίτυπα. Τα αντικείμενα αυτά προέρχονται από την ευαίσθητη περιοχή γύρω από τις δύο όχθες του ποταμού Έβρου και χρονολογούνται από τον 16ο έως και τον 20ο αιώνα.
Τo Εκκλησιαστικό Μουσείο είναι χώρος πολιτισμού και ιστορικής μνήμης. Τα εκθέματά του αντιπροσωπεύουν την πίστη απλών ανθρώπων που έζησαν σε παλαιότερες από εμάς εποχές. Στον επισκέπτη προσφέρεται η ευκαιρία να δει τα αντικείμενα αυτά όχι μόνο ως ωραία έργα τέχνης, αλλά και ως μάρτυρες ενός κομματιού της εθνικής μας ζωής, ποτισμένης με τις σωτήριες αξίες της χριστιανικής πίστης.
Αίθουσα 1
Εκκλησία – Παιδεία – Κοινωνία
Αίθουσα 2
Ξυλόγλυπτος διάκοσμος-Ιερά Σκεύη
Αίθουσα 3
Τα ιερατικά άμφια
Αίθουσα 4
Η τεχνική της εικόνας
Αίθουσα 5
Ανατολή-Δύση: Παράθυρο στο υπερβατό-Παράθυρο στον κόσμο
Αίθουσα 6
Ορθόδοξη Εικονογραφία
Αίθουσα 7
Η Θριαμβεύουσα Εκκλησία
Αίθουσα 8
Ο Να
